La chiesa di San Lorenzo di Varigotti sorse su un terrazzamento artificiale costruito sulla ripida pendice montuosa che domina la rada portuale. Quest’area nel VI-VII secolo era occupata da sepolture ricavate entro anfore provenienti dal Mediterraneo o in cassette realizzate in tegola. Dalla chiesa proviene un frammento di iscrizione in marmo grigio di VI-VII secolo che reca il nome del defunto: Anatolio.
All’edificio di culto alto-medievale è da ricondurre un sarcofago in marmo bianco greco rinvenuto in frammenti nelle murature della chiesa e attualmente esposto nel Museo Archeologico del Finale a Finalborgo. Si tratta di un sarcofago romano di IV secolo decorato “a strigilature”, la cui faccia posteriore fu rilavorata nella seconda metà dell’VIII secolo con croci gigliate unite da cerchi a intreccio di vimini, un tipico motivo della scultura longobarda (vedi scheda).

La chiesa di San Lorenzo nel 1127 fu donata da Ottone, vescovo di Albenga, al monastero benedettino di Sant’Onorato sull’isola di Lérins, in Provenza, donazione confermata dal marchese Bonifacio del Vasto e di sua moglie Agnese.
Il possesso da parte del monastero provenzale fu comunque di breve durata: pochi anni dopo la chiesa era inclusa tra le parrocchie dipendenti dalla Pieve del Finale.

L’edificio attuale, risalente al XV secolo, è costituito da un’aula unica, alla quale si accede da due portali posti sul fianco meridionale rivolto verso il mare. Davanti alla piccola abside rettangolare era posta nel pavimento la cosiddetta “tomba degli abati”. Nello spiazzo sul lato della chiesa si estendeva il cimitero, dove furono sepolti anche i morti della peste che nel Trecento devastò il Finale e l’intera Europa.

Nel 1585, il visitatore apostolico Nicolò Mascardi constatò come ormai la vecchia chiesa di San Lorenzo fosse troppo disagevole per la maggior parte della popolazione e nell’anno successivo la “cura d’anime” fu trasferita nell’oratorio di Sant’Antonio, vicino alla spiaggia dall’altra parte del capo. La nuova parrocchia si trovava in una posizione più centrale rispetto all’abitato di Varigotti (vedi scheda) sorto sulla spiaggia a occidente del promontorio e alla varie contrade, che si erano sviluppate sulle pendici circostanti affacciate sul mare.