Della chiesa medievale di Sant’Eusebio di Perti rimane la cripta romanica, datata all’XI secolo e caratterizzata da volte sorrette da quattro pilastri centrali. Le pareti dell’ambiente presentano i motivi tipici dell’architettura romanica in Liguria, come le strette finestre a monofora strombata e le lesene  delle pareti con semicolonne addossate, che sorreggono archetti pensili.

La cripta fu costruita su un gradino di roccia dove sono venute alla luce le tracce di una intensa frequentazione già in Età romana repubblicana (II-I secolo a.C.).  In un pilastro della cripta fu reimpiegata un’arula in Pietra di Finale, cioè un piccolo altare votivo romano datato tra il I e il II secolo d.C. con resti di una iscrizione.

All’interno della cripta si conserva un coperchio a tettuccio di sarcofago in Pietra di Finale decorato da due croci scolpite sugli spioventi, datato al V-VI secolo d.C. Questo sarcofago è stato ricondotto all’esistenza di una chiesa paleocristiana della quale non ci sono giunte altre tracce.

Nella malta del pavimento della cripta, sono state rinvenute due monete in bronzo bizantine con l’immagine del Cristo raffigurato come “re dei re”, coniate a Costantinopoli e datate al primo quarto dell’XI secolo.

Nella seconda metà del XV secolo, la parte superiore dell’abside della chiesa romanica, sopra alla cripta, fu demolita e ricostruita in forma poligonale. La nuova abside fu completata dall’originale campanile a vela decorato da laggioni e “bacini” in maiolica spagnola.

Ma la vecchia chiesa medievale col tempo non fu più ritenuta idonea ad accogliere la popolazione di Perti, che decise di costruire  la nuova parrocchiale accanto a quella precedente.

Il 14 ottobre  1714, su progetto dell’architetto finalese Francesco Bagutti, si pose la prima pietra di questa grande chiesa a pianta centrale poligonale con ampio presbiterio e altari in stucchi dipinti addossati alle pareti laterali .

Il cantiere si protrasse a lungo e molti materiali per la costruzione della nuova chiesa furono prelevati dalle rovine di Castel Gavone, che nel 1715 era andato incontro alla radicale distruzione voluta dai Genovesi.